蛋白组学分析(蛋白组学难点)

讲师：张旭敏（研究员），唐思伟（博士），康林（蛋白质组学总监）

单位： 上海百趣生物医学科技有限公司，应脉医疗、露森科研

开课时间：2023-03-02 14:00

第一讲 14:00-14:45 TAG-TMTpro，一种新型的超高通量的定量蛋白质组学方法

较低的分析通量是蛋白质组学实际应用的一个难点，提升分析通量对蛋白质组分析在大队列样品中的应用至关重要。等质异位标签是目前蛋白质组学研究中使用最广泛的多重定量方法，目前分析通量最大TMTpro标签能同时定量18个样品。我们建立了的TAG-TMTpro方法，使得定量通量增加三倍，可以同时定量54个样品。方法也可以应用在其它等质异位标签的定量蛋白质组研究中

1. 定量蛋白质组学简介

2. 等质异位标签简介

3. TAG-TMTpro 方法的开发

第二讲 14:45-15:30 ProteographTM (Seer)——体液蛋白质组高深度探索系统

以血浆为代表的体液蛋白质组的典型特征是蛋白质分子的高动态分布范围（跨越10-12个数量级）。现有技术很难实现对血浆蛋白质组高深度和高宽度的覆盖，导致血浆蛋白质组的研究进展缓慢。

2020年，美国Seer公司创新型地推出了基于纳米磁珠（NPs）富集结合质谱的高深度体液蛋白质系统——ProteographTM。借助该系统的自动化流程，能在几个小时内完成对血浆中3500至5000种蛋白质的鉴定，同时实现对血浆蛋白质组宽度和深度的双重高覆盖，强力推进血浆蛋白质分子标志物的筛选、发现、转化和应用。

本课程将通过对大量ProteographTM系统产出的本土数据的分析，详细介绍ProteographTM系统在体液蛋白质组等诸多领域的强大应用。

1.血浆蛋白质组特征及研究现状。

2.ProteographTM系统及组件。

3.ProteographTM系统稳定性和重复性分析。

4.ProteographTM系统对血浆蛋白质组高深度解析力分析。

5.ProteographTM系统——大队列样本分析。

6.ProteographTM系统——代表性研究案例分析。

第三讲 15:30-16:15 蛋白质组学新技术介绍与应用

随着技术的进步，蛋白质组学研究的方法多样， UniProt数据库中经人工注释的蛋白质有2万多种，在蛋白质组学研究中有组织，细胞，血清血浆等不同样本类型的样本，它们能够被检测到的蛋白种类数也不尽相同，目前为止还没有哪种技术可以一次性阳性检出所有的蛋白质，质谱检测法是一种高通量检测蛋白的常用手段，通常来说组织，细胞能够检测到的蛋白种类数可达到成千上万，而血清血浆样本由于高丰度蛋白的影响，通常只有成百上千的蛋白，因此对于血清血浆样本来说，为了更深入的研究科学问题，高深度覆盖检测蛋白种类显得尤为重要；而蛋白冠蛋白质组学所拥有的专利磁珠配套全自动化前处理设备，能够大大提升蛋白质检测深度；该技术被成功应用于NSCLC研究中，可以检测到已有研究过的biomarker指标和潜在的含量低于10ng/ml的潜在biomarker。总结现有的很多疾病的biomarker含量低于10ng/ml，高深度覆盖蛋白质组学技术在biomarker研究中将有着广泛的研究前景。

1．高深度覆盖的蛋白组学技术与优势介绍

2．蛋白冠蛋白质组学应用案例分享

3．高深度覆盖的蛋白组学应用前景展望